Pepsin kommt natürlicherweise in den Mägen von Wirbeltieren vor und besteht aus verschiedenen eiweißspaltenden Enzymen. Aus der inaktiven Vorstufe Pepsinogen wird in der Magenschleimhaut mit Hilfe von Salzsäure das aktive Pepsin gebildet.
Pepsin ist ein wichtiges Enzym in der Eiweißverdauung. Es spaltet die in der Nahrung erhaltenen Eiweiße in für den Körper leichter zu verwertende, weniger komplexe Bausteine, so dass schließlich die daraus gewonnenen einzelnen freien Aminosäuren für den Energiestoffwechsel und für andere wichtige Körperprozesse zur Verfügung stehen.

Pepsinhaltige Arzneimittel können fehlendes körpereigenes Pepsin ergänzen. Ihre Wirksamkeit wird durch Salz-, Milch- und Citrussäuren erhöht; durch säurebindende Arzneimittel dagegen abgeschwächt.
Pepsin gehört zu den verdauungsfördernden Mitteln. Einen festen Stellenwert in der Selbstmedikation haben pepsinhaltige Arzneimittel bei Appetitlosigkeit und Verdauungsbeschwerden infolge des verminderten Säure- und Pepsingehalts. Auch bei Verdauungsbeschwerden nach Magenentfernung können pepsinhaltige Arzneimittel die Verdauung oft wirksam unterstützen.

Besondere Berühmtheit erlangte Pepsin übrigens aufgrund einer Limonade auf Basis von Pepsin und Kola-Nüssen, besser bekannt unter dem Namen Pepsi-Cola.